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Les Anciens Néolithiques Européens (EEF)
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quercus



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MessagePosté le: Ven 9 Oct - 03:31 (2015)    Sujet du message: Les Anciens Néolithiques Européens (EEF) Répondre en citant

Revue du message précédent :

Encore du nouveau  Idea
Tenez vous bien, ça décoiffe Exclamation

Le tout premier génome ancien d'Afrique subsaharienne vient d'être séquencé. C'est un génome datant de 2500 avant JC d'un chasseur-cueilleur d’Éthiopie trouvé dans la grotte de Mota en Éthiopie. Son haplogroupe Y est E1b1 et sont haplogroupe mt est L3, jusque là rien d’étonnant pour un africain subsaharien.

l'étude en question:
http://www.sciencemag.org/content/early/2015/10/07/science.aad2879/suppl/DC…

Sauf que ce génome est génétiquement un peu plus africain subsaharien encore que ne le sont les africains subsahariens modernes. En somme ce chasseur-cueilleurs éthiopien de - 2500 est plus purement africain (plus différencié du groupe des Eurasiens) que les africains d'aujourd'hui !
Cela signifie que les Africains subsahariens ont reçu dans les derniers millénaires un mélange issu d'une population eurasienne qui a migré en Afrique et se sont mélangé aux Africains subsahariens, dans toute l'Afrique !

La comparaison génétique de cet échantillon avec les échantillons modernes et anciens du monde entier a permis de déterminer très précisément que:
  •  Les Africains subsahariens étaient un peu plus "africains" (un peu plus différenciés des Eurasiens) autrefois qu'il ne le sont aujourd'hui.
  • Donc tout les africains modernes ont un certain apport de gènes eurasiens plus "récent", qui a eu lieu dans les derniers millénaires seulement (pendant ou après le néolithique disons, mais pas avant). En Afrique occidentale, centrale et australe cet apport est faible, de l'ordre des 6% (variable selon les ethnies) mais bien présent partout ! cet apport eurasien est bien plus important dans les alentours de l’Éthiopie (et dans ce cas c'est pas une surprise, les Éthiopiens modernes sont très visiblement fortement métissés avec des europoïdes, il y a dans ce cas là probablement eu d'autres vagues supplémentaires provenant d'Arabie).
  • La population eurasienne actuelle qui est génétiquement la plus proche de ce supplément d'eurasiens qu'on trouve chez tout les africains modernes est celle de .........  la Sardaigne Shocked Shocked Shocked , que ce soit en Afrique de l'est (Aari) ou de l'ouest (Yoruba), ou même en Afrique centrale (les Pygmées Mubti du Congo en on aussi une influence mais plus légère, selon moi probablement par l’intermédiaire de Bantous qui se sont mélangés à eux).
  • La population ancienne (dans la collection des génomes anciens d'Eurasie dont on dispose désormais) qui a le génome le plus proche de ce supplément d'eurasiens est...  les EEF (échantillon LBK de Stuttgart, qui est l'échantillon EEF choisi dans l'étude pour sa bonne couverture) Exclamation

Extrait de la documentation supplémentaire de l'étude (le PDF accessible gratuitement) :

S10. Admixture f3 statistics show that the West Eurasian component originated from a population similar to the early Neolithic farmers

Since we have in Mota an unadmixed African population, we can look for the origin of the West Eurasian backflow by modelling contemporary Ari as a mixture of Mota and possible source populations. We do this by using the admixture f3-statistics (63) in the form f3(X, Mota; AriCultivator), where X is a contemporary Eurasian population from our global panel or a Eurasian ancient genome. For the latter, we used a representative of Mesolithic hunter-gatherers (Loschbour), and one of the Early Neolithic farmers (LBK, also known as Stuttgart) (9); these two genomes were chosen for their high coverage, allowing us to use most of the SNPs available for contemporary populations and Mota. The genomic positions included in the global dataset were called in these two genomes using samtools, calling sites with base quality ≥20 and mapping quality ≥30. Then, the vcf files were converted to plink-format files using vcftools (59), and finally merged with the global dataset (already containing Mota), using PLINK (60). All f3 statistics were computed using the 3PopTest program from the ADMIXTOOLS package (63).
LBK (an early Neolithic farmer) and Sardinians are the two most likely sources (showing the most negative admixture f3 values) for the Eurasian admixture in the Ari. A number of other analyses have shown Sardinians to be the closest contemporary population to early Neolithic farmers that came into Europe from the Near East (9), as contemporary populations from that region have been affected by large-scale populations movements in the last few millennia (65). Thus, the West Eurasian backflow originated from the direct descendants of the same early farmers who brought agriculture into Europe. Given that we have a putative source for the West Eurasian component, we can re-estimate its extent by using LBK as its source in our estimation of the f4 ratio, from which λMota,LBK can be derived without having to worry about West African ancestry in the source (as we had to for the Druze; Fig. S7).
We next tested whether the West Eurasian component found in Yoruba, which had been previously suggested to be older than Mota [dated to 9.6k±1.8k yrs ago using ALDER (16)], comes from the same source found for the Ari. We use the D statistics (66, 67) in the form D(Yoruba, Mota; X, Han), where X is a contemporary Eurasian population from our global panel or a Eurasian ancient genome. Sardinians and LBK were again found to be the most likely source of the West Eurasian component (giving the strongest positive values that indicate excess affinity between X and Yoruba compared to Mota, Table S6). This result suggests that there was a single source for the West Eurasian component found throughout Africa. So, how can the date estimated by ALDER (9,618±1,825 assuming a generation time of 29 years, and 8,300±1,575 with 25 years) be reconciled with the timing directly inferred by the age of our ancient genome (<4.5 k yrs)? Given
16
the error associated with the ALDER estimates, the two are in reality not that incompatible as they are less than 3 standard errors (SE) apart: the upper boundary based on the ancient genome is 2.81 SE different to the ALDER estimate if we use a generation time of 29 years, and 2.41 SE if we use 25 years. Furthermore, the magnitude of the admixture proportion in Yoruba is rather low, a level at which we expect ALDER estimates to be less accurate. Indeed, we see that the proportion inferred by ALDER (2.7%) is much lower than the direct estimate based on the f4 ratio using Mota as a reference (6%).
Finally, we repeated the analysis detailed above using Mbuti as our target (Table S7). The signal was slightly weaker in this case, but Sardinians were again highlighted as the most likely source of the West Eurasian component in this population (LBK was ranked 6th in this analysis).



Arrow Conclusion: pas de doute possible, les EEF ont colonisé aussi l'Afrique subsaharienne et ont probablement importés avec eux la néolithisation là-bas aussi...


Donc d’après moi, au Néolithique le Sahara (qui était vert à cette époque) était peuplé d'un population de pasteurs probablement EEF très semblables aux Sardes actuels, ils ont apporté avec eux la révolution néolithique et probablement une langue ancêtre de toute les langues chamito-sémitiques et couchitiques d'Afrique (ces langues ont pu arriver en plusieurs vagues cependant, venus du Proche-Orient qui est probablement resté longtemps EEF).
Ces pasteurs EEF peuvent aussi bien provenir directement du Proche-Orient en passant par l'isthme de Suez ou par la corne de l'Afrique en passant par l'Arabie (le désert d'Arabie était vert lui aussi), que provenant d’Europe du sud dans la même foulé que le mouvement de la céramique cardiale qui aurait alors conquis les deux rives de la Méditerranée et pas seulement l'Europe, c'est difficile de savoir d'où ils venaient car ces globe-trotteurs EEF étaient un peu partout au Néolithique...


Peinture rupestre du Sahara néolithique, vers 3000 BC
      

(A quand des génomes de chasseurs-cueilleurs chinois et amérindiens pré-néolithiques pour comparer aux modernes ?)
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MessagePosté le: Ven 9 Oct - 03:31 (2015)    Sujet du message: Publicité

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quercus


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MessagePosté le: Dim 11 Oct - 11:59 (2015)    Sujet du message: Les Anciens Néolithiques Européens (EEF) Répondre en citant

Une très importante étude vient de sortir, elle apporte, entre autres, 26 génomes de nord-ouest de l'Anatolie néolithique.

http://www.biorxiv.org/content/early/2015/10/10/016477.abstract??collection…
http://eurogenes.blogspot.fr/2015/10/eight-thousand-years-of-natural.html

Extrait :

Our sample of 26 Anatolian Neolithic individuals represents the first genome-wide ancient DNA data from the eastern Mediterranean.
Principal component (PCA) and ADMIXTURE10 analysis, shows that the Anatolian Neolithic samples do not resemble any present-day Near Eastern populations but are shifted towards Europe, clustering with Neolithic European farmers (EEF) from Germany, Hungary, and Spain7 (Fig. 1b, Extended Data Fig. 2). Further evidence that the Anatolian Neolithic and EEF were related comes from the high frequency (47%; n=15) of Y-chromosome haplogroup G2a typical of ancient EEF samples7 (Supplementary Data Table 1), and the low FST (0.005-0.016) between Neolithic Anatolians and EEF (Supplementary Data Table 2). These results support the hypothesis7 of a common ancestral population of EEF prior to their dispersal along distinct inland/central European and coastal/Mediterranean routes. The EEF are slightly more shifted to Europe in the PCA than are the Anatolian Neolithic (Fig. 1b) and have significantly more admixture from Western hunter-gatherers (WHG), shown by f4-statistics (|Z|>6 standard errors from 0) and negative f3-statistics (|Z|>4)11 (Extended Data Table 3). We estimate that the EEF have 7-11% more WHG admixture than their Anatolian relatives (Extended Data Fig. 2, Supplementary Information section 2).


Traduction (en partie automatique):
Notre groupe de 26 personnes néolithiques anatoliennes représente les premières données antiques de génomes d'ADN entier du méditerranéen oriental. L'analyse en composante principale (APC) et l'ADMIXTURE10 à analyse relative, prouvent que les échantillons néolithiques anatoliens ne ressemblent pas aux populations proches-orientales actuelles quelle qu'elles soient mais sont décalés vers l'Europe, groupant avec les agriculteurs européens néolithiques (EEF) d'Allemagne, de Hongrie et d'Espagne (fig. 1B, fig. prolongée de données 2).
D'autres preuves que les néolithiques et les EEF anatoliens étaient connexes viennent de la haute fréquence (47% ; n=15) de l'haplogroupe Y G2a typique des anciens échantillons EEF (tableau supplémentaire de données 1), et de la faible distance FST (0.005-0.016) entre Anatoliens et EEF néolithiques (tableau supplémentaire de données 58 2). Ces résultats soutiennent l’hypothèse d'une population héréditaire commune d'EEF avant leur dispersion le long d'itinéraires intérieurs/de l'Europe centrale et côtiers/méditerranéens distincts. Les EEF sont légèrement décalés vers l'Europe dans l'APC que le sont les néolithiques anatoliens (fig. 1B) et ont sensiblement plus de mélange des chasseurs-cueilleur occidentaux (WHG), montrés par [...]. Nous estimons que les EEF ont 7 à 11% de mélange de WHG supplémentaire par rapport à leurs parents anatoliens
.

La nouvelle APC:




(comme d'habitude, les groupes de points gris représentent les populations actuelles d'Europe et du Proche-Orient, pour savoir à quelles populations ils correspondent vous pouvez vous référer aux autres APC similaires (certes pas identiques, mais très similaires) déjà postées sur ce fil (comme sur la première des deux APC postés ici: http://histoiresecrete.leforum.eu/t835-Les-Anciens-N-olithiques-Europ-ens-E… ), où ces groupes de points sont légendés. La distance entre les points sur les graphiques est à peu prés proportionnelle à la distance génétique entre les échantillons qu'ils représentent: plus ils sont éloignés plus ils sont différents génétiquement, et donc plus ils sont proches sur le graphique plus ils sont apparentés génétiquement.)



C'est la confirmation de ce qu'on pouvait dire avec l'échantillon Barcin (qui était de mauvaise qualité) dont j'avais parlé plus haut.

Je récapitule où on en est maintenant avec les EEF:

Arrow Les EEF sont originaires du Proche-Orient, ils sont probablement issus du Croissant fertile (on a pas encore d'ADN du Croissant fertile). La première révolution néolithique de l'humanité et le site de Gobleki Tepe c'est fort probablement l’œuvre des proto-EEF ou d'une population très apparentée, et il sont aussi fort probablement impliqués dans l’émergence des premières civilisations du Proche-Orient tout comme ils sont à l'origine des premières cultures brillantes et proto-civilisations d'Europe néolithique, et aussi probablement ailleurs dans l'Ancien monde où ils se sont aussi répandus (Afrique du nord, dont l'Égypte, car on sait maintenant que l'Afrique presque toute entière a été investie au Néolithique par une population qui était très proche des EEF et des actuels Sardes, tout comme en Europe).
Arrow Les néolithiques anciens d'Anatolie, les proto-EEF, étaient nettement différents des populations actuelles du Proche-Orient (c'est flagrant sur les APC), ils étaient en revanche plus apparentés aux Européens actuels (globalement),
tout les européens actuels ont conservés une forte part d'ascendance EEF, et notamment au sud-ouest de l'Europe où c'est de loin l'ascendance principale (Ibérie, Italie, sud de la France, et bien-sûr la Sardaigne qui est le dernier isolat EEF presque pas mélangé). Le Proche-Orient a donc subit de très profonds bouleversements et remplacements de sa population depuis lors, le quand et comment cela s'est produit représente encore une grande énigme.
Arrow Les néolithiques anciens d'Anatolie, les proto-EEF, n'ont reçu que 7 à 11 % d'apport WHG (anciens chasseurs-cueilleurs d'Europe de l'ouest du Mésolitique, qui étaient semble-t-il aussi présents dans les Balkans) à leur entrée en Europe avant de coloniser toute l'Europe, ce mélange donnant les EEF européens proprement dit qui caractérisent l'Europe durant le Néolithique ancien (et il y aura une résurgence et un petit apport supplémentaire de WHG au Néolithique moyen et récent).


Nouvelles perspectives :
   Question Maintenant on peut imaginer que les EEF ont aussi participé à la néolithisation d'une part importante de l'Asie, vers l'Orient, depuis leur berceau du Croissant fertile, et pas seulement vers l'Occident (Europe et Afrique). Ils sont donc peut être impliqués (entièrement ou partiellement) dans d'autres nombreuses cultures vers cette direction là aussi...
Mais là on a encore aucune donné génétique mous permettant d'en avoir une idée...

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Mitra
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MessagePosté le: Lun 26 Oct - 01:50 (2015)    Sujet du message: Les Anciens Néolithiques Européens (EEF) Répondre en citant

quercus a écrit:
Encore du nouveau  Idea
Tenez vous bien, ça décoiffe Exclamation

Le tout premier génome ancien d'Afrique subsaharienne vient d'être séquencé. C'est un génome datant de 2500 avant JC d'un chasseur-cueilleur d’Éthiopie trouvé dans la grotte de Mota en Éthiopie. Son haplogroupe Y est E1b1 et sont haplogroupe mt est L3, jusque là rien d’étonnant pour un africain subsaharien.

l'étude en question:
http://www.sciencemag.org/content/early/2015/10/07/science.aad2879/suppl/DC


Donc d’après moi, au Néolithique le Sahara (qui était vert à cette époque) était peuplé d'un population de pasteurs probablement EEF très semblables aux Sardes actuels, ils ont apporté avec eux la révolution néolithique et probablement une langue ancêtre de toute les langues chamito-sémitiques et couchitiques d'Afrique (ces langues ont pu arriver en plusieurs vagues cependant, venus du Proche-Orient qui est probablement resté longtemps EEF).
Ces pasteurs EEF peuvent aussi bien provenir directement du Proche-Orient en passant par l'isthme de Suez ou par la corne de l'Afrique en passant par l'Arabie (le désert d'Arabie était vert lui aussi), que provenant d’Europe du sud dans la même foulé que le mouvement de la céramique cardiale qui aurait alors conquis les deux rives de la Méditerranée et pas seulement l'Europe, c'est difficile de savoir d'où ils venaient car ces globe-trotteurs EEF étaient un peu partout au Néolithique...


Peinture rupestre du Sahara néolithique, vers 3000 BC
        




Tres interessant Quercus merci. J qi pense aussi de suite aux dames du Tassili qvec les conclusions
de cette etude

http://www.histoire-secrete.fr/265475277/1873127/posting/les-dames-du-tassi…

On a sans doute avec cette etude la reponse a la auestion posee en fin de sujet Okay
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Mitra
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MessagePosté le: Sam 30 Jan - 15:54 (2016)    Sujet du message: Les Anciens Néolithiques Européens (EEF) Répondre en citant

Idea 1 er genome complet d'un individus exhumé d'une tombe megalithique en Irlande (3300 - 3000 BC)
http://histoiresecrete.leforum.eu/t919-Etude-g-n-tique-d-un-individus-enter…
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quercus


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MessagePosté le: Lun 1 Fév - 10:45 (2016)    Sujet du message: Les Anciens Néolithiques Européens (EEF) Répondre en citant

Oui c'est le premier génome autosomal du mégalithisme ouest-européen !


 

 
L'échantillon de cette femme irlandaise c'est le carré vert dans l'APC si dessus. On peut voir qu'elle est très proche des Espagnols et des Sardes actuels, et donc très proche des anciens EEF européens (mais évidement très éloignée des Proche-Orientaux actuels, contrairement à ce que sous-entend de manière manipulatoire le résumé de l'étude...). 

 
De plus on peut voir qu'elle a un léger apport WHG supplémentaire par rapports aux EEF plus anciens, elle se classe donc plus prés du "Néolithique moyen" européen que du Néolithique ancien, ce qui est logique, le mégalithisme atlantique correspond à l'époque du Néolithique moyen à l'échelle européenne, qui se caractérise par ce petit apport WHG supplémentaire (la fameuse résurgence des WHG au Néolithique moyen). On trouve la même chose pour Otzi en Europe centrale à la même époque. 

 
(Cependant il faut rester prudent, on a qu'un seul échantillon, il ne serait pas impossible qu'on ait eu une population encore très hétérogène et complexe dans le Nord-Ouest à l'époque des premières vagues steppiques, puisque la culture Campaniforme qui succède au mégalithisme (mais avec une certaine continuité culturelle partielle) et dont on a pas mal d’échantillons d'Europe continentale, nous montre un tableau encore hétérogène (mais avec un mélange déjà malgré tout avancé entre les deux populations, ce qui signifierait que ça aurait pu éventuellement commencer avant). D'ailleurs une hétérogénéité a perduré jusqu’à nos jours après le Campaniforme puisque les Espagnols actuels sont restés plus proches des EEF alors que les irlandais étaient déjà proches des actuels Irlandais (c'est à dire avec un très fort apport steppique) à l'époque du Bronze ancien.)
 
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Mitra
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MessagePosté le: Lun 1 Fév - 17:54 (2016)    Sujet du message: Les Anciens Néolithiques Européens (EEF) Répondre en citant

quercus a écrit:
 le mégalithisme atlantique correspond à l'époque du Néolithique moyen à l'échelle européenne, qui se caractérise par ce petit apport WHG supplémentaire (la fameuse résurgence des WHG au Néolithique moyen). On trouve la même chose pour Otzi en Europe centrale à la même époque.
  

Ca correspond a quoi exactement et on l'explique comment ? et il viendrait d' ou cet apport ?
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quercus


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MessagePosté le: Ven 5 Fév - 15:45 (2016)    Sujet du message: Les Anciens Néolithiques Européens (EEF) Répondre en citant

Et bien actuellement personne ne l'explique de façon précise, beaucoup de scénarios sont possibles si on cherche à comprendre comment cela a pu se produire "historiquement". Mais on peut avancer des généralités:

Les EEF ont colonisé, peuplé et mis en culture une grande partie de l'Europe, mais ils se sont cantonné principalement aux zones les plus utilisables et productives pour leurs systèmes de production, ils avaient toute la verte Europe à leur porté, autant choisir les terres les plus faciles. Par exemple le mouvement LBK semble avoir suivi les terre mésophiles de loess et/ou de tchernoziom qui sont fertiles et faciles à cultiver en Europe centrale et du nord, par rapport à d'autres type de terres, et les terres alluvionnaires humides dans un second temps, et à ces endroits les densités de population d'agriculteurs pouvaient être très forte comparé à des sociétés de chasseurs-cueilleurs qui occuperaient une surface équivalente. Tandis que les régions argileuses (terres trop lourdes et difficiles à cultiver, mais malgré tout très propices au pâturage), et surtout sableuses (terres trop pauvres et peu productive) ou rocheuses, ont été délaissés, les zones au climat difficile ont aussi été évité: les zones montagneuses mais aussi les régions maritimes dont les étés ne sont pas assez chauds pour le murissement des anciennes variétés de céréales et légumineuses, le climat plus semi-continental de l’intérieur des terres avec hivers froids et été chauds est plus propice aux céréales et légumineuses anciennes, il a fallu un certain temps pour adapter de nouvelles variétés. Cela a laissé de vastes zones sauvages encore peuplés de chasseurs-cueilleurs WHG (mais dont les densités, et donc la démographie, étaient bien plus faibles), même jusqu'à la fin du Néolithique en Europe du Nord. 
En Méditerranée le mouvement cardial semble avoir surtout dépendu de l'élevage ovin et caprin, la forêt méditerranéenne a été partout incendiée (très facilement) pour laisser place au pâturage extensif, et donc les zones de persistance de chasseurs-cueilleurs ont été moins importantes, les EEF se sont approprié rapidement tout l'espace y compris dans les paysages accidentés.

Mais arrivé à la fin du Néolithique ancien et durant le Néolithique moyen, la pression démographique EEF s'est intensifié, ils ont probablement acquis des systèmes culturaux plus efficaces et diversifiés, mieux adaptés aux différents terrains, l'agriculture et l’élevage (même très extensif au besoin) a donc pu se répandre dans les régions refuges des chasseurs-cueilleurs. On peut donc imaginer que les WHG eux même, après plus d'unmillénaires de contacts avec les EEF ont commencé à pratiquer l'agriculture et l'élevage car c'était plus productif, cette adoption du mode de vie des EEF a pu provoquer leur assimilation et leur dilution dans la population EEF (mais les WHG étant moins nombreux, l'impact génétique a été assez limité en Europe moyenne, cet impact semble plus important dans les régions de la Baltique si on regarde la génétique des populations actuelles).
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MessagePosté le: Aujourd’hui à 01:25 (2016)    Sujet du message: Les Anciens Néolithiques Européens (EEF)

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